La producción mundial de salmónidos llegaría a 1.562.000 toneladas este 2009, cifra que significa una baja de un 2,37% respecto del 2008, la oferta chilena pasará de las 375 mil toneladas del 2008 a 250 mil toneladas previstas en el 2009, lo que significa una caída del 33,33%. Ell tema que se abordará en este estudio, consiste en analizar las alternativas de cosecha y sistemas de transporte marítimos existentes en la Industria del Salmón, cuyo objetivo es encontrar la alternativa más eficiente en para el transporte de la cosecha de salmónidos en las regiones X y XI. Los procesos analizados son el Sistema tradicional de cosecha, el uso de Wellboat y planta de Matanza (cosecha viva) en la región de Aysén. Para lo cual serán descritas en cuanto a su flujo de procesos, analizar sus fortalezas y debilidades, en un escenario de cosecha en la zona de Puerto Aguirre y su desembarco en el puerto de Quellón, región de Los Lagos, junto con un análisis económico de cada una de ellas, para las tres especies salmonídeas mas cultivadas en Chile como Trucha Arco Iris, Salmón Atlántico y Salmón Coho. La cosecha tradicional, es competitiva, especialmente para las especies Salmon Coho y Trucha Arco Iris, cobrando mas vigencia que nunca, principalmente a sus costos de explotación y factibilidad de operación en zonas de cuarentena y jaulas contaminadas con Isav al igual que los tenderboats. La una diferencia alcanza un 24 % en el costo de cosecha por tonelada en relación a la cosecha viva, un 15 %. en relación al Tender boat. Si comparamos Tenderboat con Wellboat éste tiene una diferencia de 11 %. La industria chilena probablemente tendrá que aprender a convivir con el Virus ISA, el que se espera sea controlado, por medio de medidas sanitarias y administrativas, incluidas en las nueva ley de pesca y acuicultura, en revisión por la cámara alta, contar con una mayor diversificación de las zonas de cultivo, creación de barrios y una menor sobreexplotación de los mismos.