1901. Apología del Padre Antonio Vieira [S.I.] [Manuscrito]

1902. Apología del patronato de los reyes de España, relativo al derecho de presentar a las personas para ocupar los obispados [Manuscrito]

1903. Apologia das sciências : discurso

1904. Apología en defensa de esta Monarquía de la Casa de Austria: [Manuscrito] para desengaño de los potentados de Europa y satisfación de los políticos de estos tiempos

1905. Apología en defensa de la Monarquía y de la Casa de Austria, para desengaño de los potentados de Europa y satisfacción de los políticos de estos tiempos [Manuscrito]

1906. Apología en excusación y favor de las fábricas del Reino de Nápoles [Manuscrito]

1907. Apología en el pleito con la singular Compañía de Jesús, respondiendo a Pedro Avilés, su Provincial en esta Andalucía... [Manuscrito]

1908. Apología erudita de sus obras y otros papeles [Manuscrito]

1909. Apología mística en defensa de la contemplación [Manuscrito]

1910. Apología mística en defensa de la contemplación divina, contra algunos maestros escolásticos que se oponen a ella [Manuscrito]

1911. Apología mística y respuesta religiosa que presenta al supremo y sagrado Tribunal de la Santa Inquisición de España el general de la religión de los Carmelitas Descalzos, sobre... Subida del alma a Dios y entrada al paraíso espiritual, obra póstuma del padre José de Jesús María

1912. Apologia Pater Gabrielis Vazquez e Sosietate Jesu pro jurisdictione ecclesiastica contra magistratus saeculares in duas partes divisa [Manuscrito]

1913. Apología por la Historia de fray Gerundio de Campazas contra el papel intitulado Defensa del Barbadinho en obsequio de la verdad... [Manuscrito]

1914. Apología por la historia de fray Gerundio: cartas de su autor al Penitente del P. Marquina

1915. Apología por los ingleses insurgentes de la América [Manuscrito]

1916. Apología por la Mística ciudad de Dios, de María de Jesús de Ágreda [Manuscrito]

1917. Apología por sí y por su Madre, la universal Iglesia Católica [Manuscrito] : en el pleito contra la singular Compañía de Jesús, respondiendo a Pedro Avilés, su Provincial en esta Andalucía...

1918. Apología prima pro defensione Ecclesiae et Inmaculatae Conceptionis Beatae Mariae Virginis contra Bandelum et bandelizantes [Manuscrito]

1919. Apologia pro jurisdictione ecclesiastica adversus magistratus saeculares in duas disputationes divisa [Manuscrito]

1920. Apologia sobre o Touro chamado de São Marcos. Autor o Doutor Manoel do Valle de Moura Deputado do S[an]to Officio de Portugal em Evora. Patria Arrayolos. Offerecida ao Illustrissimo, e Reverendiss[im]o Senhor Dom Miguel de Portugal Bispo de Lamego