1881. Apología contra los reparos de fray Matías Marquina a la Historia de Fray Gerundio de Campazas, del padre José Francisco de Isla

1882. Apología del asno [Manuscrito] : compuesta a renglones así como versos

1883. Apología del cristianismo contra los judíos [Manuscrito]

1884. Apología de la dedicatoria que puso al libro "Carta de guía de casados" [Manuscrito]

1885. Apología de la religión católica [Manuscrito]

1886. Apologia dos factos acontecidos entre os Terceiros de N. Senhora do Monte do Carmo da cidade de Marianna e os suppostos Terceiros da mesma Ordem de Vila Rica

1887. Apología del Instituto de los jesuitas [Manuscrito]

1888. Apología del Padre Antonio Vieira [S.I.] [Manuscrito]

1889. Apología del patronato de los reyes de España, relativo al derecho de presentar a las personas para ocupar los obispados [Manuscrito]

1890. Apologia das sciências : discurso

1891. Apología en defensa de esta Monarquía de la Casa de Austria: [Manuscrito] para desengaño de los potentados de Europa y satisfación de los políticos de estos tiempos

1892. Apología en defensa de la Monarquía y de la Casa de Austria, para desengaño de los potentados de Europa y satisfacción de los políticos de estos tiempos [Manuscrito]

1893. Apología en excusación y favor de las fábricas del Reino de Nápoles [Manuscrito]

1894. Apología en el pleito con la singular Compañía de Jesús, respondiendo a Pedro Avilés, su Provincial en esta Andalucía... [Manuscrito]

1895. Apología erudita de sus obras y otros papeles [Manuscrito]

1896. Apología mística en defensa de la contemplación [Manuscrito]

1897. Apología mística en defensa de la contemplación divina, contra algunos maestros escolásticos que se oponen a ella [Manuscrito]

1898. Apología mística y respuesta religiosa que presenta al supremo y sagrado Tribunal de la Santa Inquisición de España el general de la religión de los Carmelitas Descalzos, sobre... Subida del alma a Dios y entrada al paraíso espiritual, obra póstuma del padre José de Jesús María

1899. Apologia Pater Gabrielis Vazquez e Sosietate Jesu pro jurisdictione ecclesiastica contra magistratus saeculares in duas partes divisa [Manuscrito]

1900. Apología por la Historia de fray Gerundio de Campazas contra el papel intitulado Defensa del Barbadinho en obsequio de la verdad... [Manuscrito]