1901. Apología por la historia de fray Gerundio: cartas de su autor al Penitente del P. Marquina

1902. Apología por los ingleses insurgentes de la América [Manuscrito]

1903. Apología por la Mística ciudad de Dios, de María de Jesús de Ágreda [Manuscrito]

1904. Apología por sí y por su Madre, la universal Iglesia Católica [Manuscrito] : en el pleito contra la singular Compañía de Jesús, respondiendo a Pedro Avilés, su Provincial en esta Andalucía...

1905. Apología prima pro defensione Ecclesiae et Inmaculatae Conceptionis Beatae Mariae Virginis contra Bandelum et bandelizantes [Manuscrito]

1906. Apologia pro jurisdictione ecclesiastica adversus magistratus saeculares in duas disputationes divisa [Manuscrito]

1907. Apologia sobre o Touro chamado de São Marcos. Autor o Doutor Manoel do Valle de Moura Deputado do S[an]to Officio de Portugal em Evora. Patria Arrayolos. Offerecida ao Illustrissimo, e Reverendiss[im]o Senhor Dom Miguel de Portugal Bispo de Lamego

1908. Apologias

1909. Apología… por la historia de Fray Gerundio de Campazas contra un papel intitulado Defensa del Barbadiño en obsequio de la verdad [Manuscrito]

1910. Apologías de los Anales de Aragón de Jerónimo Zurita [Manuscrito]

1911. Apologías del Señor de Villerroy, primer Secretario de Estado de Francia, dirigidas al Señor Mantenon, Comendador de las dos Ordenes y Consejero de Estado de los reyes Carlos IX y Enrique III y Enrique IV [Manuscrito]

1912. [Apólogo]

1913. Apolóxica respuesta y declaración de las setenta semanas de Daniel contra lo que escribió una persona residente en Ruan

1914. Apontados do veneravel P.e Fr. Antonio das Chagas Pregador Missionario Apostolico e instituidor deste Seminario de Santo Antonio de Varatojo. O qual faleceo neste mesmo Seminario aos 20 de Outubro de 1682

1915. [Apontamentos acerca da lista das pessoas que foram condenadas e penitenciadas na Inquisição de Goa que os inquisidores enviaram no ano de 1607.]

1916. [Apontamentos ao novo regimento do Mondego, extraído da nossa legislação sobre marachões e velas, e das de Itália, Alemanha, etc .]

1917. [Apontamentos apresentados no Conselho acerca da lista das pessoas que foram penitenciadas na Inquisição de Goa e que os inquisidores enviaram no ano de 1603, chegando em agosto de 1604.] Documento 25

1918. [Apontamentos apresentados no Conselho acerca da lista das pessoas que foram penitenciadas na Inquisição de Goa e que os inquisidores enviaram no ano de 1603, chegando em agosto de 1604.] Documento 26

1919. [Apontamentos de D. Maria Freire de Vasconcelos sôbre a obra de Francisco Freire Alemao e Manuel Freire Alemão]

1920. [Apontamentos de história portuguesa, secular e eclesiástica, relativos principalmente à época do conde D. Henrique até final do séc. XIII]